股东合作协议和公司章程区别
第一，法定性不一样。公司章程依法是必须制定的，而股东合伙协议则法律没有要求股东必须签署，在法律规定的范围内，股东合伙协议是可有可无的。
第二，约束的对象不同。股东合伙协议主要是对签署协议的各方股东有约束力，而章程则是对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力，两个文件约束的对象不一样，似乎公司章程更为宽泛一些，即便是没有参与制定的公司、董事、监事、高级管理人员也是需要受到它的约束的。
第三，隐私保护程度不同。股东合伙协议不需要公开，也不需要到公司登记部门备案，仅仅是在股东之间保存即可，具有较强的隐私性，对于股东之间的隐私具有很强的保护性。即便是存在股权代持的问题，实际投资人之间签署了股东合伙协议，但是在公司章程里面备案的股东姓名、名称以及在公司登记部门登记的股东姓名、名称可以不是真实的投资者，可以由他人作为名义股东，成为实际出资人的股权的代持人。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》第四百六十四条合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。
婚姻、收养、监护等有关身份关系的协议，适用有关该身份关系的法律规定；没有规定的，可以根据其性质参照适用本编规定。
合伙协议和公司章程不一致的要怎么办
公司章程与合伙协议无关。合伙协议是合伙企业中所有合伙人之间的协议，只对合同当事人产生效力。根据相关法律规定，公司章程只存在于有限责任公司以及股份公司中。
【法律依据】
《公司法》第十一条
设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。
第十二条
公司的经营范围由公司章程规定，并依法登记。公司可以修改公司章程，改变经营范围，但是应当办理变更登记。
公司的经营范围中属于法律、行政法规规定须经批准的项目，应当依法经过批准。
合伙协议与公司章程的区别是什么
首先，在法律上，合伙协议是指股东之间就要发起设立的一个组织，包括股权架构和相关的权利架构、出资等，是很初始的权利义务的约定。而公司章程是公司的宪法，公司、股东、高管等的所有行为规范都必须遵守这个最高的规则。公司法的公司章程是有法律强制性规定的，不一定要签署股东协议，但是必须有公司章程。其次，合伙协议并不是一个必备的法律文件，要约定也可以，不要约定也不影响。不过我们建议公司还是要签股东协议，因为股东协议的内容和公司章程还是不一样的。最后，关于约束力，合伙协议属于协议，就是协商，可以讨价还价，合同具有相对性原则。合伙协议的约束力相对比较窄，有参与才有约束，所以这是股东之间的一种任意性的合同，但不能约束协议外当事人。公司章程的约束力比较广，是法律必备的文件，公司章程可以约束公司的行为。合伙协议仅仅是合伙人之间的一种约束，但如果协议写得好，对合伙人之间而言，其重要性比公司章程还要重要。《合伙企业法》第四条合伙协议依法由全体合伙人协商一致、以书面形式订立。
公司章程和股东协议以哪个为准
【法律分析】：一般以变更后的股东协议约定为准。
1.对于股东内部之间，应以股东的真实意思合意为准 无论是股东协议还是公司章程均是股东意思自治的结果，签字股东受股东协议和公司章程的约束。若股东约定了股东协议与公司章程存在不一致时适用规则，应当从其约定，以约定适用的协议或章程为准。若是没有约定的，应当探究股东真实意思表示，适用反映股东真实意思表示的约定来确认各股东的权利和义务，一般以最后签署的文本为准，视为最后的文本以协议方式一致变更了之前的约定。
2.对于公司、股东与第三人之间，应以公司章程为准 公司章程是对外公示的文件，具有对外效力，而股东协议的内容一般不为协议外第三人所知悉。基于合理信赖公司章程，与公司交易而受到。
【法律依据】：《中华人民共和国公司法》
第三十七条 股东会行使下列职权：（一）决定公司的经营方针和投资计划；（二）选举和更换非由职工代表担任的董事、监事，决定有关董事、监事的报酬事项；（三）审议批准董事会的报告；（四）审议批准监事会或者监事的报告；（五）审议批准公司的年度财务预算方案、决算方案；（六）审议批准公司的利润分配方案和弥补亏损方案；（七）对公司增加或者减少注册资本作出决议；（八）对发行公司债券作出决议；（九）对公司合并、分立、解散、清算或者变更公司形式作出决议；（十）修改公司章程；（十一）公司章程规定的其他职权。对前款所列事项股东以书面形式一致表示同意的，可以不召开股东会会议，直接作出决定，并由全体股东在决定文件上签名、盖章。
第四十六条 董事会对股东会负责，行使下列职权：（一）召集股东会会议，并向股东会报告工作；（二）执行股东会的决议；（三）决定公司的经营计划和投资方案；（四）制订公司的年度财务预算方案、决算方案；（五）制订公司的利润分配方案和弥补亏损方案；（六）制订公司增加或者减少注册资本以及发行公司债券的方案；（七）制订公司合并、分立、解散或者变更公司形式的方案；（八）决定公司内部管理机构的设置；（九）决定聘任或者解聘公司经理及其报酬事项，并根据经理的提名决定聘任或者解聘公司副经理、财务负责人及其报酬事项；（十）制定公司的基本管理制度；（十一）公司章程规定的其他职权。
股东协议，出资登记和公司章程不一致，哪
在工商登记的公司章程效力最大，一般以章程为准的，这个是对第三人讲的。对于内部的话是以私下的协议为准的。这就是有的人做为实际控股人的情况，出资证明书只在股东和公司之间有效，对第三人无效。
公司章程，是指公司依法制定的、规定公司名称、住所、经营范围、经营管理制度等重大事项的基本文件，也是公司必备的规定公司组织及活动基本规则的书面文件。
