股东协议与公司章程不一致时
1、如涉及公司 “外部”问题时：如果是涉及股东与第三人之间的事项时，因属于“外部”问题，应适用经过登记公示的公司章程，而不能适用股东协议来处理。2、如涉及公司 “内部”问题时：如果是涉及到股东之间或公司内部事项时，因属于“内部”问题，应当根据实际情况进行区分，原则上以股东的真实意思为准。哪个约定最“新”即出台时间较晚，就应当适用哪个来处理。如就“分红比例”而言，公司章程规定按实缴出资比例分配，而股东协议却约定按出资比例分配的话。如果股东协议签订的时间比公司章程早一些，那么就应适用公司章程中的规定，反之，就应适用股东协议来处理。
法律依据：《中华人民共和国公司法》
第六条 设立公司，应当依法向公司登记机关申请设立登记。符合本法规定的设立条件的，由公司登记机关分别登记为有限责任公司或者股份有限公司；不符合本法规定的设立条件的，不得登记为有限责任公司或者股份有限公司。
法律、行政法规规定设立公司必须报经批准的，应当在公司登记前依法办理批准手续。
公众可以向公司登记机关申请查询公司登记事项，公司登记机关应当提供查询服务。
第七条 依法设立的公司，由公司登记机关发给公司营业执照。公司营业执照签发日期为公司成立日期。
公司营业执照应当载明公司的名称、住所、注册资本、经营范围、法定代表人姓名等事项。
公司营业执照记载的事项发生变更的，公司应当依法办理变更登记，由公司登记机关换发营业执照
公司章程与公司设立协议有哪些区别
股东协议 与 公司章程 的区别是： 一、股东协议属于任意性文件，并非设立公司的必备性文件（ 股份有限公司 、中外合资经营企业、中外合作经营企业除外）；而公司章程是 公司设立 的必备性文件。《 公司法 》关于 有限责任公司 的设立规定以及关于股份有限公司的设立规定，《中外合资经营企业法》关于中外合资经营企业的设立规定，《中外合作经营企业法》关于中外合作经营企业的设立规定，均以公司章程为必备文件。 二、根据合同相对性原理，股东协议仅在签订协议的股东之间具有法律约束力，不能从根本上约束公司本身；而根据《公司法》的规定，公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有法律约束力。 三、股东协议的订立和修改都需要当事人协商一致；而按照《公司法》的规定，公司章程的制定和修改，并不一律要求全体股东一致同意，存在依“少数服从多数”的原则来制定和修改的情况。 《公司法》第十一条规定，设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。
股东合作协议和公司章程区别
第一，法定性不一样。公司章程依法是必须制定的，而股东合伙协议则法律没有要求股东必须签署，在法律规定的范围内，股东合伙协议是可有可无的。
第二，约束的对象不同。股东合伙协议主要是对签署协议的各方股东有约束力，而章程则是对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力，两个文件约束的对象不一样，似乎公司章程更为宽泛一些，即便是没有参与制定的公司、董事、监事、高级管理人员也是需要受到它的约束的。
第三，隐私保护程度不同。股东合伙协议不需要公开，也不需要到公司登记部门备案，仅仅是在股东之间保存即可，具有较强的隐私性，对于股东之间的隐私具有很强的保护性。即便是存在股权代持的问题，实际投资人之间签署了股东合伙协议，但是在公司章程里面备案的股东姓名、名称以及在公司登记部门登记的股东姓名、名称可以不是真实的投资者，可以由他人作为名义股东，成为实际出资人的股权的代持人。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》第四百六十四条合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。
婚姻、收养、监护等有关身份关系的协议，适用有关该身份关系的法律规定；没有规定的，可以根据其性质参照适用本编规定。
